se desconecta por diversos motivos ya sea por tiempo de espera o por algun problema de coneccion, yo uso el filezilla y la verdad que no me ha dado ningun problema, cuando sube archivos grandes se desconecta, sin embargo sigue subiendo el archivo hasta que lo termine, y si es una lista y se desconecta y no puedes subir mas archivos, guarda la lista y te dice que archivos se subieron erroneamente, no he usado otro cliente ftp excepto los que vienen por defecto en los sistemas operativos pero el filezilla no me ha dado problema
aqui esta su web para que descargues:
FileZilla - The free FTP solution