¿De qué depende el CTR de AdSense?

Joel Comm, menciona 4 factores diferente que podrían afectar considerablemente tu CTR, en su caso paso de un 1% a 8%

Contenido del sitio
Algunos tipos de contenido generan más clicks que otros (pero no necesariamente hacen más dinero por click).

Diseño del sitio
Es de vital importancia saber dónde y cómo ponerlos.

Número de links
Por qué hacer competencia a tus anuncios? Si quieres que la gente clickeen fuera de tu página, deberías ser pagado por ello.

Relevancia de los anuncios
Si tus anuncios no son relevantes lo más probable es que tengas un CTR bajísimo, en mi opinión es el más importante, porque la gente hace click a los anuncios que están relacionados con el tema.